护法殿
在放生池的对面，有一座古建筑，那就是石室禅院的护法殿，即原来的旧大殿。此殿建于道光年间，光绪、民国后，几度重修，遗留至今，现为护法殿(天王殿)。院前左右，两棵玉兰树，琼枝虬茎，高大挺拔，树龄高达200多年。尽管历经沧桑，风雨剥蚀，仍然枝繁叶茂，生机勃勃，不减当年。夏日花期，微风吹动，馨香满院。两棵玉兰与殿侧两颗百年金桂，均为厦门同类树种中树龄最长的树，二者合为镇寺之宝，有诗云：“室馨金桂幽静禅，石磬玉兰清香院。”
立于殿前，纵观整个殿堂，只见殿顶为单檐歇房顶，正中大门两边，书一对联:“石塔藏精轮相开千百年香火，室灯照暗灵光度亿万众迷途。”左右两边门楣，上书“菩提”、“兰若”，相对的两厢偏门门楣，亦上书“关松度云”“水流花径”。中轴线东西两边墙上，各种彩绘、浮雕、佛像、图案、花纹，精美绝伦，妙然天成。然而于风格上，却迥然各异，一反中国古代建筑传统风格——同形平衡对称，而是一种等量平衡。如此一来，便打破了单调、沉闷的氛围，真乃匠心独运，世之罕见，中国一绝。庚寅年二月初二由五华集团董事长康忠民(净峰)居士发心下举行了旧殿重修工程。
进入殿内，正面供奉的是当来下生弥勒佛，笑迎信众，两边供奉的是二十四诸天，二十四诸天的名称具体是：一大梵天、二帝释天、三多闻天王、四持国天王、五增长天王、六广目天王、七金刚密迹、八大自在天或摩醯首罗、九散脂大将、十大辩才天、十一大功德天、十二韦驮天神、十三坚牢地神、十四菩提树神、十五鬼子母、十六摩利支天、十七日宫天子、十八月宫天子、十九娑竭龙王、二十阎摩罗王、二十一紧那罗、二十二紫微大帝、二十三东岳大帝、二十四雷神。在护法殿内，善男信女可真心许愿，随喜添油，点灯供佛，求签问卜，诸佛菩萨，龙天护法，定会悲悯垂慈，灵验加被，遂其所愿。(天王殿一般指多闻、持国、增长、广目四天王，本寺多20位护法诸天)
三宝楼(客堂、寺务处)
三宝楼即为供佛、讲法及住僧之处，石室禅院的三宝楼位于旧大殿左侧的三宝楼一层，面朝东方，百年玉兰、金桂摇曳其前，每当花期，馨香满院。三宝楼第一层为客堂，其为寺院日常工作的管理中心，集外交、内务于一体。主要负责对外的联络，宾客、居士、云游僧的接待，及本寺院各堂口的协调，僧众的考勤和纪律，各殿堂的管理，寺院的消防、治安等。大众来此，品茗论道，咨询法务，捐建道场，供养常住，超荐冤亲，放生消灾，点灯供佛等，通过客堂这扇窗口，沟通僧俗两界，接引无量众生。三宝楼第二层为寺院行政机构——寺务处(管理委员会)，由僧人组成的寺务委员会决策班子，将对寺内全年重大活动作出决策。 三宝楼第三层是药师专修堂，用于举办药师禅修或药师法门讲解开示。
会员接待中心
沿着百年金桂前走十几步，再横过一条古青石板路，上了石阶，右侧便是石室禅院慈善功德会的会员接待中心。位于石室禅院大雄宝殿正前方的下面，弘法讲堂左边，护法殿后面。占地面积约300平方米，全部以玻璃作墙，通体透明，视觉无碍，自成一室，与寺院建筑浑然天成。门前两棵古木，亦生机盎然，树上挂满了随风摇曳的红色许愿带，日夜为信众消灾、祈福、满愿。进入其内，便见桌椅成排，干净整齐。靠墙一边，柜子里整齐地摆放着各类佛教经典、杂志，会员、嘉宾、香客、信众，游人，可来此交纳会费、慈善捐款、会友品茗、谈经论道、闲聊休憩。隔窗远眺，梵宇殿堂，青山绿树，尽收眼底;随风聆听，梵海潮音，荡涤心肠。置身其内，宠辱皆忘，心旷神怡，其乐无穷!
大雄宝殿
沿着会员接待中心门前的石阶直上，左边前面广场上一高大雄伟的建筑，那就是石室禅院的大雄宝殿。在佛教寺院中，大雄宝殿就是正殿，也称大殿，是供奉佛祖释迦牟尼佛的殿堂。大雄宝殿是整座寺院的核心建筑，也是僧众朝暮课诵集中修持的地方。大雄：是佛的德号;大者，是包含万有的意思。雄者：是摄伏群魔的意思。因为释迦牟尼佛具足圆觉智慧，能雄镇大千世界，因此佛弟子尊称他为大雄。宝殿的宝：是指佛法僧三宝。寺院的大雄宝殿正中，一般供奉的是释迦牟尼佛，左右两边分别是药师佛、阿弥陀佛。石室禅院的大雄宝殿也是如此，正中供奉的是释迦牟尼佛，左边是手托药钵的药师佛，右边是手托莲花的阿弥陀佛。三尊大佛，慈悲庄严，端坐高台，广度众生。大佛两旁，供奉的是中国佛教四大菩萨，他们分别是坐骑为狮子的文殊师利菩萨、身骑六牙白象的普贤菩萨、足踏潜龙的观世音菩萨、端坐独角兽的地藏菩萨。大雄宝殿的正中，也就是释迦牟尼佛的正前方，是一尊千手千眼观世音菩萨金身塑像，观音菩萨以无量的智慧和悲愿，寻声救苦，无刹不现身。
大雄宝殿的两侧墙体正中央为一排人造石窟，供奉的是十八罗汉圣像，每尊罗汉坐于石窟中，体态各异，形神具足，惟妙惟肖。据说，佛涅盘以前，曾嘱咐十八位大阿罗汉，要他们不要涅盘，常住世间，为众生培植福德。这十八位罗汉是：降龙罗汉：庆友尊者，传说曾降伏恶龙。坐鹿罗汉：宾罗跋罗多尊者，曾乘鹿入皇宫劝喻国王学佛修行。举钵罗汉：迦诺迦跋厘隋阁，是一位托钵化缘的行者。过江罗汉：跋陀罗尊者，过江似蜻蜓点水。伏虎罗汉：宾头卢尊者，曾降伏过猛虎。静坐罗汉：诺距罗尊者，又为大力罗汉，因过去乃武士出身，故力大无穷。长眉罗汉：阿氏多尊者，传说出生时就有两条长眉。布袋罗汉：因揭陀尊者，常背一布袋笑口常开。看门罗汉：注茶半托迦尊者，为人尽忠职守。探手罗汉：半托迦尊者，因打坐完常只手举起伸懒腰，而得此名。沉思罗汉：罗怙罗尊者，佛陀十大弟子中，以密行居首。骑象罗汉：迦理迦尊者，本是一名驯象师。欢喜罗汉：迦诺伐蹉尊者，原是古印度一位雄辩家。笑狮罗汉：罗弗多尊者，原为猎人，因学佛不再杀生，狮子来谢，故有此名。开心罗汉：戍博迦尊者，曾袒露其心，使人觉知佛于心中。托塔罗汉：苏频陀，是佛陀所收最后一名弟子，他因怀念佛陀而常手托佛塔。芭蕉罗汉：伐那婆斯尊者，出家后常在芭蕉树下修行用功。挖耳罗汉：那迦犀那尊者，以论“耳根清净”闻名，故称挖耳罗汉。
两侧墙体的上下，及正面墙上，供奉的是黄色琉璃药师佛。灯光打开，整个殿堂，金碧辉煌，数千尊药师佛，如千百亿化身，光摄大千。置身其中，仿佛走进了东方净琉璃世界，任凭你身形如何移动，药师佛慈悲摄受的目光总在注视着我们，这就是千百化身琉璃光佛的神奇。
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