推荐游玩路线
精华景点路线：主入口西大门→多肉植物区→雨林世界→科普展馆→天界晓钟→百花厅→南洋杉草坪/邓小平植树处→万石涵翠→西大门出口
游览时间：2小时
游览路程：1850米
多肉植物区
多肉植物也称多浆植物、肉质植物，意指这类植物具有肥厚多汁的肉质茎、叶或根。
多肉植物区面积约4公顷，始建于1999年，建有仙人掌科植物展馆、多肉植物展馆、森林性多肉植物展馆三个室内展馆，以及一个模拟沙漠环境的室外展区。该区现收集有50余科近3000种(含品种)多肉植物，是我园最具特色的专类园区之一，也是我国多肉植物栽培与园林应用示范、科学研究和科普教育的重要基地。
雨林世界
雨林世界面积约16公顷，园区内有厦门旧二十四景的“紫云得路”和“高读琴洞”景点，有市级文物保护单位——建于明代的樵溪桥。
该园在保持原有自然植被的基础上，通过引种栽培具有雨林特征的植物，丰富物种多样性，形成群落层次较多的雨林植被，表现绞杀现象、老茎生花、空中花园、板根现象等雨林特征。在园内建造雾森系统，将自来水雾化喷出，迷漫空间，若隐若现，营造出亦幻亦真的奇幻世界。
国庆期间雨林世界喷雾时间：9:30—11:30，14:30—16:30
天界寺
天界寺为明末清初月松和尚募建。自古以来寺院每日清晨要敲钟108下，钟声悠扬，荡涤人心，以解“一百零八烦恼之梦”。“天界晓钟”是厦门旧“小八景”中的一景，也是厦门新二十名景中的一景。天界寺后巨石嵯岈，洞壑天成，洞中有石刻，为清乾隆时黄日纪所题。洞两端贯通，天风起时，声应洞中，山鸣谷应，啸声不绝，似虎长啸，故名。洞内外石壁有题刻多处，诗作数十。其中以黄日纪《仙岩四景》为最，以明朝征倭诸将诗最有价值，后者列市级文物保护单位。
百花厅
百花厅呈园中园格局，中心为荷花池，池面上荷花、王莲、睡莲尽展风姿。整体建筑以传统中式庭园为构架，五组展厅沿池布置，或以廊连，或以路通，皆白墙粉柱、琉璃瓦顶，错落有致。常年或节假日举办不同主题的展览活动。
百花厅内沿廊顺路可观赏到大花老鸦嘴、扁担藤、连雾、吊瓜树、无忧树、金花茶等百余种植物。独辟一角的荫生植物区以蕨类植物为主，古藤径石，苍苔蔽石，咫尺空间，无限山水，构成一幅别具南国风光的立体画。廊隅有我国著名园林学家陈从周的“岩坞”和厦门书法名家高怀所书“榕荫逭暑”二幅行书石刻。
南洋杉疏林草坪
南洋杉疏林草坪简称南洋杉草坪，始建于60年代，由我国著名园林大师孙筱祥教授设计，位于万石湖南侧，面积约1公顷。
南洋杉科有3属37种。我园现引种有3属15种。南洋杉草坪东南侧种植约10公顷异叶南洋杉林，是目前我国面积最大的异叶南洋杉纯林。
党和国家领导人在此种植多株纪念树，其中有改革开放的总设计师邓小平同志在1984年2月视察厦门时莅园亲手种植的一棵大叶樟树，该处已成为人们缅怀一代伟人丰功伟绩的场所。彭真、万里、王震等领导人也在此种植了纪念树。
万石湖
万石湖原为万石岩水库，建于1952年，当年为厦门市的战备水库，由园中两大水系水磨坑溪和樵溪汇流而成，如今已成为植物园景观的核心。万石湖的北侧是松杉园、竹径，南侧为南洋杉草坪，东侧为棕榈岛、百花厅，西侧大坝上成排种植着原产美洲极具南国风韵的华盛顿棕，湖光倒影，别有一番景致。
湖上“春秋”、“天趣”双桥成趣，另有“仰止亭”、“沧趣亭”、“适然榭”等水榭亭台点缀其上，波光荡漾，意趣超凡。湖光山色，草木葱茏汇成厦门名景之——“万石涵翠”。
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